Adapun akibat hukum yang ditimbulkan Klausula Arbitrase diatur dan ditegaskan dalam Pasal 3 jo. Pasal 11 UU Arbitrase No.30/1999, dapat dijelaskan sebagai berikut:
(1). Mengakibatkan gugur atau kehilangan kewenangan dari Pengadilan Negeri untuk mengadili sengketa yang timbul dari perjanjian tersebut.Oleh karena itu, akibat hukum pertama yang ditimbulkan Klausula Arbitrase adalah mengakibatkan Pengadilan Negeri tidak berwenang mengadili perkara/sengketa yang timbul dari perjanjian yang bersangkutan. Artinya, sengketa/perkara yang timbul dari perjanjian tersebut: secara mutlak atau absolut menjadi yurisdiksi atau kompetensi absolut lembaga arbitrase yang dipilih, dan Pengadilan Negeri secara mutlak atau absolut tidak memiliki yurisdiksi atau kompetensi lagi untuk mengadilinya.
(2) Akibat hukum berikut yang ditimbulkan Klausula Arbitrase, diatur dalam Pasal 11 UU Arbitrase No.30/1999 yang menyatakan:
(i) Meniadakan hak para pihak untuk mengajukan gugatan atau penyelesaian sengketa yang timbul dari perjanjian itu ke PN.
(ii) Akibat hukum kedua yang ditegaskan dalam Pasal 11 Ayat (2) adalah Pengadilan Negeri berkewajiban untuk menolak atau tidak campur tangan dalam penyelesaian sengketa yang timbul dari perjanjian yang menyepakati Klausula Arbitrase.