Prosedurnya dimulai dengan pendaftaran dan penyampaian permohonan arbitrase oleh pihak yang memulai proses arbitrase “pemohon” dengan menyampaikan kepada Sekretariat BANI. Permohonan dapat diproses setelah pemohon telah memberitahukan kepada termohon dengan adanya sengketa yang akan ditempuh melalui BANI. Kemudian melakukan pembayaran biaya pendaftaran dan biaya administrasi sesuai dengan ketentuan BANI. Pemeriksaan perkara arbitrase akan dimulai setelah biaya administrasi dipenuhi.
Dalam hal sengketa yang akan diperiksa dan diputus oleh Majelis Arbitrase, Pemohon dan Termohon dapat menunjuk seorang Arbiter masing-masing dan selanjutnya kedua arbiter memilih arbiter ketiga yang akan bertindak sebagai Ketua Majelis atau menyerahkan penunjukan tersebut kepada Ketua BANI.
Sekretariat BANI akan mempelajari permohonan arbitrase dan kontrak permohonan arbitrase, yang tujuannya untuk mengetahui apakah BANI berwenang memeriksa dan memutuskan permohonan arbitrase tersebut. Apabila ternyata berwenang, maka termohon harus memberikan tanggapan atas permohonan arbitrase yang diajukan oleh pemohon paling lama 30 (tiga puluh) hari sejak diterimanya permohonan. Jangka waktu untuk memberikan tanggapan dapat diperpanjang selama 14 hari.
Sekretariat BANI akan mengirimkan surat pemberitahuan mengenai besarnya biaya yang harus ditanggung oleh para pihak untuk mengadakan arbitrase di BANI, yang dihitung berdasarkan persentase dari jumlah klaim yang dituntut oleh pemohon arbitrase. Perlu untuk diketahui bahwa selama biaya tersebut belum dilunasi, maka persidangan arbitrase tidak akan dimulai.
Setelah para pihak sudah melunasi seluruh biaya administrasi, pemeriksaan dan arbiter, sekretariat BANI akan mengirimkan surat pemberitahuan susunan Majelis Arbiter yang akan memeriksa, mengadili dan memutus perkara aquo.
Kemudian para pihak baik pemohon dan termohon akan dikirimkan surat panggilan sidang. Ketika para pihak datang menghadap pada hari sidang yang telah ditetapkan, Majelis Arbitrase wajib terlebih dahulu mengusahakan perdamaian, dan jika dipandang perlu bahkan dapat memerintahkan para pihak untuk melakukan Mediasi BANI. Jangka waktu mediasi adalah 40 hari, tapi dapat diperpanjang sesuai dengan kesepakatan para pihak.
Apabila mediasi tercapai, maka Majelis Arbiter akan memberikan putusan bahwa para pihak sepakat untuk berdamai. Namun, jika para pihak tidak mencapai kesepakatan saat mediasi, maka pemeriksaan akan dilanjutkan dan Majelis Arbiter akan memutuskan sengketa arbitrase tersebut berdasarkan hukum, kepatutan dan keadilan.
Pemeriksaan Arbitrase BANI diselenggarakan di Jakarta atau tempat lain sesuai yang diperjanjikan. Namun demikian, para pihak dapat mengusulkan tempat lain dengan persetujuan Majelis Arbitrase.
Jangka waktu pemeriksaan arbitrase adalah 180 (seratus delapan puluh) hari terhitung sejak pemeriksaan pengangkatan Majelis Arbitrase sampai dengan penyerahan kesimpulan.
Majelis Arbiter menetapkan Putusan Akhir dalam waktu paling lama 30 hari sejak ditutupnya perisidangan. Putusan Arbitrase wajib diserahkan dan didaftarkan oleh Majelis Arbiter kepada Panitera Pengadilan Negeri