Prosedur yang harus diselesaikan dalam menyelesaikan sengketa melalui lembaga yaitu :
1. Pendaftaran dan Permohonan Arbitrase.
Kesepakatan penyelesaian sengketa melalui arbitrase harus disetujui dua belah pihak. Sebelum berkas permohonan dimasukkan, Pemohon harus lebih dulu memberitahukan Termohon bahwa sengketa akan diselesaikan melalui jalur arbitrase.
2. Penunjukan Arbiter.
Pemohon dan termohon dapat memiliki kesepakatan mengenai arbiter. Kesepakatan ini dituliskan pada permohonan arbitrase yang disampaikan Pemohon dan dalam jawaban Termohon.
3. Tanggapan Termohon.
Setelah berkas permohonan didaftarkan, Badan Pengurus BANI akan memeriksa dan memutuskan apakah BANI memang berwenang untuk melakukan pemeriksaan sengketa, maka Sekretaris Majelis harus segera ditunjuk. Dan termohon memiliki waktu sebanyak 30 hari untuk memberi jawaban atas permohonan tersebut.
4. Tuntutan Balik.
Dalam jangka waktu 30 hari tersebut, Termohon harus mengajukan tanggapannya kepada BANI untuk kemudian diserahkan kepada Majelis dan Pemohon. Jawaban tersebut harus mengandung keterangan mengenai fakta-fakta yang mendukung permohonan arbitrase berikut butir-butir permasalahannya.
5. Sidang Pemeriksaan.
pemeriksaan dilakukan secara tertutup, menggunakan bahasa Indonesia, harus dibuat secara tertulis, dan mendengar keterangan dari para pihak.